All'interno del parco la fauna è presente in numero considerevole nelle aree di maggior pregio naturalistico (boschi, zone umide, fontanili) e in misura minore nelle zone coltivate. Sono state rilevate alcune specie fra cui il ghiro, il tasso, la faina, la volpe, il coniglio selvatico, la donnola, la lepre ed altri. Molteplici gli uccelli presenti nella campagna: l'airone cinerino, il picchio, la garzetta, il cuculo, la cinciallegra, il migliarino di palude e tantissimi altri.
La superficie boschiva del Parco agricolo sud Milano è assai ridotta in proporzione alla vastità delle coltivazioni esistenti. Sono comunque presenti zone ricche di vegetazione lungo gli argini dei fiumi, dei canali, e dei corsi d'acqua ove la fauna trova rifugio. Prevalgono le essenze autoctone quali il pioppo bianco, il pioppo nero, il salice, l'olmo, il carpino bianco, qualche gelso ancora residuo di un antico modo di condurre l'economia agraria, oltre alle querce farnie e agli aceri campestri. Sono presenti anche numerosi cespugli di biancospino, sanguinello, prugnolo ed altri ancora.
La ricchezza d'acqua è tra le risorse ambientali, quella più significativa. Troviamo fiumi e corsi d'acqua storici (Vettabia, Ticinello, Addetta, Muzza), i navigli Grande e Pavese, i numerosi fontanili ancora attivi che determinano ecosistemi di notevole pregio.
L'ambiente naturale è connotato anche dalla presenza di boschi (Cusago, Riazzolo, Corbetta, Carengione oltre alle superfici boscate lungo i fiumi e le teste di fontanile) e da aree protette quali: riserve naturali (Fontanile Nuovo di Bareggio e Sorgenti della Muzzetta di Rodano e Settala), parchi (dell'Addetta, dell'Idroscalo, di Trenno, di Trenzanesio), oasi naturalistiche (Lacchiarella).
L'esteso territorio agricolo contribuisce infine alla conservazione di suolo libero, inedificato, indispensabile per l'equilibrio ecologico dell'area metropolitana.
Il parco occupa una superficie di circa 46.300 ettari ad uso agricolo: i territori agricoli si estendono a macchia all’interno dei confini del parco alternandosi a circa 19.000 ettari di territorio urbanizzato.
L’allevamento di bovini e suini è l’attività principale (in termini di reddito prodotto) con 305 allevamenti ed un’area utilizzata pari al 30% dei territori agricoli del parco.
La coltura più diffusa nell’area è quella dei cereali (43% del territorio agricolo coltivato) a cui seguono il riso (22%) ed il prato (16%). Sono presenti con percentuali minori il girasole, la soia, le orticole, le marcite, le floricole, i vivai, i pioppeti e le aree boscate.
L’area del parco si caratterizza come una delle zone di agricoltura più intensiva del territorio nazionale.
Il pregio maggiore dell’agricoltura del Parco Sud consiste nella ricchezza della tradizione agricola: l’irrigazione dei campi a "marcita" (un velo d’acqua che scorre sui campi e li "scalda" e li protegge anche in inverno), l’uso dell’acqua sorgiva dei fontanili (piccole oasi naturali in mezzo alla campagna), la capillare canalizzazione che mette in comunicazione rogge e navigli rappresentano straordinari segni della trasformazione e della cura del paesaggio agrario.
Il Parco Agricolo Sud Milano prevede la salvaguardia e la qualificazione delle attività agro-silvo-colturali attraverso "misure ed iniziative volte a sostenere la progressiva riduzione dell’impatto ambientale indotto dall’uso di mezzi di produzione nell’attività agricola, indirizzandola verso pratiche agronomiche ed uso di presidi sanitari compatibili con la salvaguardia dell’ambiente".
"La natura è lo spirito visibile, lo spirito è natura invisibile"
Schelling